Transmission, если ему правильно сказали, что делать, скачивает тот же объем, что и uTorrent. Разница лишь в том, что utorrent прячет файлы, куски которых он скачал (общие с нужным), а transmission это не умеет. На форуме transmission это обсуждалось 100 миллионов раз.
Чтобы не было пересканирования - удалите торрент с данными, перед тем, как качать новую серию. Если нужно переместите предыдущие серии в свою медиатеку в отдельной папке.
PS Файлы в технологии torrent хранятся не по-файлово, а чанками (chunks).
PPS Моно поискать, как избежать пересканирование при обновлении. Но, если это возможно, нужно будет ставит transmission из Entware и управлять им через консоль.