Если использовать содержимое ipset для блокировки, тогда согласен, на CDN можно много чего лишнего отрезать. Скажем, когда пытался унять телеметрию Windows 10, в расход пошёл bing.com.
Если же использовать содержимое ipset для выборочного роутинга, то пользователь от потенциальных издержек пострадает вот как: никак.
Что до накопления неактуальных излишков со временем, то теоретически можно заморочиться искусственным старением TTL для ответов dnsmasq и временем жизни записи в ipset. Как уже говорил выше, это решается с помощью одной доп.опцией на каждую из перечисленных софтин. В реальной жизни при аптайме роутера до пары-тройки месяцев неудобств не ощутил, несмотря на то, что у меня в конфиге dnsmasq перечислено два десятка доменов.