MTU у них одинаковый, но это интерфейсы разного рода.
EoIP - это L2-интерфейс, потому вам еще нужно отнять 12 байт L2-заголовка, итого будет 1404 в классическом понимании MTU на уровне L3.
Gre и IPIP - это L3-интерфейс, у них будет 1416 байт.
Руками можно выставить MTU у EoIP более, чем 1416, например даже 1500, но при этом фреймы L2 размером более чем 1416 байт проходить все равно не будут - EoIP не поддерживает фрагментацию и сборку, это особенность протокола. Такие пакеты просто будут отброшены.
Еще вариант - туннельный IPsec между 2-1 и 1-3, и дальше уже туннель 2-3. Однако overhead при этом будет сравним.