Замечу, вы упомянули интерфейс L2TP, похоже что сервер находится удаленно и именно Keenetic устанавливает к нему подключение, а не наоборот?
Когда включено автоматическое правило трансляции для определенного сегмента (стоит галка NAT в Домашней сети), трафик из этой сети поступает во внешние сети с адресом интерфейса устройства в этой внешней сети.
На входящий трафик непосредственное влияние этой настройки отсутствует. Однако, если говорить о трафике ответном, то разница разумеется будет, поскольку адрес отправителя разный. При включенном NAT это адрес интерфейса, который установлен у вас по L2TP, при выключенном - это адрес хоста, отправляющего запрос, так как подмены не будет происходить.
Пожалуйста, посмотрите статью.