На всякий случай оставлю это тут, для будущих поколений. Для себя решил вопрос следующим образом: идем в приоритеты подключений, политики доступа в интернет, выбираем интересующую нас политику, в ней выбираем прокси, который раздает интернет в политике и справа от прокси будет иконка с карандашем - жмем на нее, появляется диалоговое окно изменения ограничений скоростия, дальше, думаю, интуитивно понятно.
Не знал, что такая фича есть в keenetic, но у меня стоит preview канал обновлений и версия ОС 5.0.3 - думаю из-за нее. На XKeen скорее всего так тоже можно сделать, но придется отказаться от перехвата трафика через тоннель (как он ставится из коробки) и самостоятельно настроивать socks прокси в inbound'ах конфига.
Еще одна неочевидная возможность - если клиент подключается по wi-fi, то можно ему отдельно зашейпить скорость в настройках клиента в роутере.