Таким образом, проблема в том, что motionEye создает эти файлы .keep, "чтобы предотвратить удаление каталога". Но в общих ресурсах SMB, в зависимости от конфигурации сервера SMB, эти файлы могут быть скрыты таким образом, что даже клиент, который их создал, больше не может их удалить?
Поэтому, когда motionEye затем пытается удалить каталог медиафайла, он не может этого сделать, потому что рекурсивное удаление пропускает скрытый файл .keep, следовательно, не удается удалить каталог.
Samba может быть настроен не скрывать точечные файлы, как отметил @as-kholin в другом выпуске: https://www.samba.org/samba/docs/current/man-html/smb.conf.5.html