По ссылке инструкция как установить DNS-over-TLS - https://help.keenetic.com/hc/ru/articles/360007687159-Прокси-серверы-DNS-over-TLS-и-DNS-over-HTTPS-для-шифрования-DNS-запросов
После установки заходишь Сетевые правила -> Интернет фильтры -> Настройки DNS -> Добавить сервер
Тип сервера DNS: DNS-over-TLS
Адрес сервера DNS: IP-адрес твоего сервера Амнезия (перед этим нужно через приложение установить DNS-сервер Амнезии)
Домен оставляешь пустой
Любой интерфейс
+ я добавил два DNS-over-TLS сервера AdGuard, о которых выше упомянул. Тоже самое, только IP-адреса 94.140.14.14 и 94.140.15.15, а домен везде dns.adguard-dns.com.