Техподдержка Keenetic помогла решить проблему. Один из серверов в моей сети заявлял себя корневым узлом STP. Из-за этого ретрансляторы работали не корректно, не проходила команда от контроллера выключить транспортную систему.
Рекомендую на глючном ретрансляторе скачать self-test и поискать там конфиг backhaul, выглядит так:
<backhaul>
<root>4000.50:ff:XX:XX:XX:XX</root>
<bridge>4000.50:ff:XX:XX:XX:XX</bridge>
<uplink>GigabitEthernet0/Vlan1</uplink>
<mac>50:ff:XX:XX:XX:XX</mac>
<link>up</link>
<speed>1000</speed>
<duplex>full</duplex>
<auto-negotiation>on</auto-negotiation>
<flow-control>on</flow-control>
<eee>off</eee>
<cost>5</cost>
<bss-shutdown>yes</bss-shutdown>
</backhaul>
В тегах <root> и <bridge> должен быть MAC контроллера. Если там что-то другое, то в этом и проблема.
Чтобы не разбираться с сервером, мне посоветовали задать приоритет контроллеру (выполняется на контроллере)
mws stp priority 16384
system configuration save
После этого проблема ушла.