Так в 5.1 Alpha 2 проблема остается на NC-1812, сегодня только пробовал. Пришлось откатиться на 5.0.2, где не было этой проблемы.
У меня тоже есть правила и все выключены. Почитал ветку, понял, что важно именно наличие правил, хоть и выключенных. Но опять же, в 5.0.2 при той же конфигурации, проблему не наблюдаю.
UPD. Проверил на доступном мне KN-1011, с 5.0.4 и выключенными правилами (правила есть, но выключены), та же проблема. Запрос на localhost 284 мс!
После удаления правил (списки остались), время на localhost упало до 0-4 мс.