Доброе утро всем!
Собственно реализовать фичи, описанные в первом посте можно без проблем. В моем случае сделал это на Keenetic Peak ОС v4.2.
Вкратце:
1. Встроенный в ОС StrongSwan управляется через vici-интерфейс по сокету, расположенному /temp/ipsec/vici.socket. Управлять можно утилитой /usr/bin/swanctl.
2. Командами swanctl --reload-settings, --load-creds, --load-pools, --load-conns можно заменить штатную конфигурацию IPSec VPN на свою, включая замену используемых сертификатов LetsEncrypt, на свои, в том числе самоподписанные.
3. Свою конфигурацию демона charon формируем в файле /opt/etc/swanctl/strongswan.conf, подменяем копированием штатный файл /tmp/ipsec/strongswan.conf
4. Свою конфигурацию VPN описываем в файле /opt/etc/swanctl/swanctl.conf
5. В папки /opt/etc/swanctl/x509, /opt/etc/swanctl/x509ca, /opt/etc/swanctl/private кладем сертификаты и закрытые ключи.
6. Чтобы своя конфигурация применялась при перезагрузке маршрутизатора, кладем скрипт в /opt/etc/init.d